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本署與臺灣高雄地方檢察署、內政部警政署保安警察第七總隊第三大隊南區中隊、法務部調查局高雄市調查處等單位組成專案小組，成功破獲跨區域廢棄物非法轉運、貯存及申報異常之環保犯罪案件。經檢警調環長期密切配合與科技執法蒐證，於 115 年 7 月提起公訴，成功阻斷事業廢棄物非法跨區轉運及貯存之不法行為，防堵不肖業者規避焚化爐進廠額度管制，將來源不明的廢棄物混入高雄市焚化廠處理。

本案源於 113 年 2 月接獲民眾檢舉有事業廢棄物由外縣市載運至高雄市小港區某未經核准貯存場及轉運站，並試圖再行轉往焚化廠處理。為釐清不法廢棄物流向，專案小組啟動跨區域查緝，結合大數據分析與現場實地督察，執法人員展現高度合作力執行 19 次的行政督察與監控下，針對清除車輛進出及廢棄物流向進行蒐證，並交叉比對廢棄物聯單、營運紀錄及車輛 GPS 行駛軌跡，因而證實部分清除機構車輛載運北部及中部廢棄物進入南部清除機構未經核准之貯存場及轉運站情形，於 115 年 1 月由高雄地檢署檢察官指揮北部及南部地區同步搜索，本署同步配合行政督察，在高雄市小港區及路竹區等非法場址發現堆置約 1,738 立方公尺未能及時處理之廢棄物，順利掌握清運與轉運等不法行為。

經專案小組跨北、中、南共查獲包含新北市、彰化縣、雲林縣、花蓮縣、高雄市在內 9 家清除機構涉及違規情事，涉嫌違反《廢棄物清理法》第 31 條及第 42 條規定，已函請所轄地方政府依法辦理行政裁罰；刑事犯罪部分，則涉及同法第 46 條第 3 款、第 4 款、第 47 條之法人併罰規定。經高雄地檢署偵查終結，起訴 7 名涉案嫌犯與曳引車司機，以及宏Ο公司、輝Ο公司、廣Ο公司、群Ο公司、志Ο公司等 5 家涉案法人公司，讓涉案不法業者面臨行政與刑事究責。