本署為維護我國環境品質，以「垃圾處理」、「環境衛生」、「環境執法」、「區域環境管理」及「土壤及下水」五大類別為主要業務。如管理垃圾處理設施之營運，確保廢棄物妥善處理；監督及推動優質公廁之建構，改善民眾在外如廁需求；稽查及追蹤環保犯罪行為，防範環境污染威脅；預防與整治土壤及地下水污染，守護我國土地與水源安全等。
本署持續監測、分析我國環境現況與議題，積極執行因應作為，並藉由「國際合作」與他國環保機關及相關單位交流，作為政策精進及措施擬定之參考，共同邁向乾淨且安全的永續未來。
