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1974年，臺灣省政府建設廳成立「臺灣省政府建設廳水污染防治所」。

1983年8月9日，臺灣省政府建設廳水污染防治所與臺灣省環境衛生實驗所合併為「臺灣省政府衛生處環境保護局」。

1988年1月15日，臺灣省政府衛生處環境保護局升格為「臺灣省政府環境保護處」。

1988年至1991年間，各縣市政府逐步設立「環境保護局」，作為地方環境保護事務的主管機關。

1999年7月因臺灣省政府功能業務與組織調整，改隸行政院環境保護署，並更名為「行政院環境保護署中部辦公室」。

2000年2月2日，經總統公布《土壤及地下水污染整治法》，成立土壤及地下水污染整治基金。

2002年3月，改制為「行政院環境保護署環境督察總隊」，下設北、中、南三區督察大隊。

2022年1月1日，環保署將一般廢棄物管理、環境衛生管理業務、「向海致敬-海岸清潔維護計畫」、「天災應變」及「防疫防災窗口」等業務移入由環境督察總隊統籌辦理；另外將環境督察總隊北、中、南三區環境督察大隊之組織架構中的區域環境治理、督導地方環保機關執行環保業務及環境犯罪查緝執法納入改制為北、中及南區環境管理中心。

2023 年 5 月 24 日，公布制定環境部環境管理署組織法。

2023 年 8 月 22 日環境督察總隊與土壤及地下水污染整治基金管理會合併升格為「環境部環境管理署」。