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為落實環境部彭啓明部長於113年6月宣示，119年前全國主要河川無嚴重污染河段目標，本署南區中心自113年下半年度起，偕同本部水質保護司及地方環境保護局等相關單位，密切關注南部地區各主要河川測站監測數值變化。除鎖定長期嚴重污染之河川測站，加強周邊沿岸高污染風險畜牧場稽巡查力度外，並持續深化既有橫向聯絡機制，透過現場實務的經驗分享及意見反饋，協助地方政府提升許可文件審查品質，以達區域治理成效。

截至114年底，本署南區中心針對高屏溪流域武洛溪九如橋測站、二仁溪二層橋測站及古亭橋測站、阿公店溪舊港橋測站與東港溪流港西抽水站等5處長期列為中度（RPI介於3.1至6.0）及重度污染(RPI>6)河段，全面提升沿岸畜牧場稽巡查量能，以遏止不法業者心存僥倖。累計進場查核61場次高風險業者，採集廢水樣品達41組，共有19家業者屬嚴重違規，並查獲10家繞流排放或非法稀釋，累計裁處金額已達新臺幣728萬元，另有2家遭勒令停養。

各河段與前3年平均值相較，114年度已有逐漸改善跡象，嚴重污染月份由前3年的46.7%下降至25.8%，氨氮改善率則介於22.3%~78.6%。未來本署南區中心將持續關切各河川水質變化，並協助地方政府針對重點河段沿岸事業加強查核，以盼儘早還給沿岸居民良好的生活環境。