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為了改善河川水質中重金屬超標的問題，保護流域環境品質，南區中心採取了五大核心措施：收集資料、追溯源頭、監控水質、進行稽查和推動改善。並與農田水利署合作，針對灌溉污染的來源進行溯源調查，特別是潛在的高污染企業。使用科技來監控和稽查這些企業，並與環保局合作，移交給警方處理涉嫌違法的案件，確保違規者改善行為。

二仁溪支流三爺溪附近的五空橋河川測站，根據RPI污染指數發現常常超過6.0，屬於嚴重污染狀況。南區中心鎖定該測站附近相關業者，查出金○有限公司為高風險事業名單，亦進行深度查核後發現，該業者放流口排放墨綠色強酸廢水，pH值現場測為1.82，並且於重力式濃縮池拉設管線經生活污水管線至橋梁下方排放口繞流排放至廠外；而在廠內製程區廢水並未經管線收集至集水井，係直接外溢至地面收集溝，造成土壤污染。

該公司於112年8月1日被判處勒令停工並限期改善。對應到該公司下游的三爺溪五空橋測站，112年平均RPI為5.6，相比於前一年的6.6，情況有所好轉。迄今113年6月五空橋不再是嚴重污染測站，水質已有明顯改善情形。

透過南區中心與農田水利署的合作，成功採取了多項措施來改善水質問題。不僅針對潛在的高污染企業進行了深度稽查和監控，後續仍促使業者進行改善。未來，將繼續與相關單位密切合作，持續推動環境保護工作，確保河川水質的持續改善，保護流域環境品質。