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環工技師如未落實污染調查或確認事業污染防制設備是否具備足夠能力處理污染物種，除致污染物超過環保法規標準值增加環境負荷外，亦影響民眾居住品質，因此環境部為提升技師簽證品質，訂定「環境保護技師簽證查核標準作業程序」，每年針對技師簽證案件進行抽查，並依缺失程度分為第一級、第二級及第三級，缺失等級為第三級者將移送公共工程委員會進行懲戒。

統計110至112年查核結果，一級缺失從51.6% 增至63.3%、二級缺失從43.8% 降至35.8%、三級缺失從4.7% 降至0.9%，顯示技師簽證品質逐年提升。