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二仁溪上游流域監測點顯示水質呈現氨氮監測數值偏高，污染來源主要為高雄市內門區一帶畜牧廢水所致，為降低畜牧廢水造成水體氨氮污染，成立內門區畜牧廢水資源化中心將畜牧廢水集中納管處理，以減經水體自淨負擔。為提升畜牧業管理及畜牧廢水管制成效，協同地方環保局執行查核督察，強化環境區域管理，自河川上游進行污染減量查核，提升整體河川流域管理工作。

查核過程發現，部分畜牧場為了減少廢水處理費用，繞流排放未經處理的畜牧廢水，造成水體氨氮偏高，112年期間二仁溪上游二層橋測站氨氮濃度曾經監測到高達40.4 mg/L及70.4 mg/L，顯示受畜牧廢水影響嚴重，有不肖畜牧場將未經妥善處理的畜牧廢水繞流排放進入二仁溪上游，造成水質惡化，經由分析比對畜牧場廢水申報資料，掌握可疑對象後進行完整蒐證，透過科學儀器蒐證，查獲繞流排放管線後立即截斷管線，阻止後續再有污染河川水質。113年二仁溪上游二層橋測站氨氮濃度對比112年度有明顯下降趨勢，已見改善成效。