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小型廚餘堆肥廠因處理量能受限，但廚餘受限來源與季節不同造成其性質變化複雜，導致堆肥成品肥分不穩定，以往不具設置工廠效益，多將堆肥成品經由活動與資源物交換加以提供民眾使用。本署為提升堆肥廠處理效能與成品品質，持續至地方辦理堆肥廠效能提升及輔導作業，邀請專家學者至現場給予專業建議，以作為後續操作程序與設施改善之參考，並進行改善狀況追蹤，以確保輔導成效及提升堆肥成品品質。本署另針對地方申請肥料登記證常見問題與農業部進行溝通，並製作申請範本供有意願申請縣市參考使用。

截至114年7月24日，全國公有堆肥廠計59廠，其中傳統堆肥廠共45廠，已有臺北市內湖焚化廠附設堆肥設施、北投焚化廠附設堆肥設施、木柵焚化廠附設堆肥設施、臺中市南屯區餘樂園、臺南市城西廚餘堆肥廠、苗栗縣竹南鎮堆肥廠、宜蘭縣羅東鎮有機廢棄物廠、嘉義縣民雄鄉堆肥廠等8廠取得肥料登記證（共9張）；高效堆肥廠共14廠，已有臺南市城西廚餘高速發酵廠、宜蘭縣利澤有機廢棄物處理廠及三星鄉有機廢棄物處理廠、花蓮縣鳳林鎮堆肥廠、新北市土城區高效堆肥處理廠、澎湖縣廚餘堆肥廠、新竹縣政府環境保護局廚餘處理廠等7廠取得肥料登記證（共7張），合計15廠取得肥料登記證（共16張），各產品可透過農會通路販售，或提供肥料廠做為複合肥料之混拌原料，增加其經濟性。本署將持續輔導地方政府申請廚餘堆肥成品取得肥料登記證。

臺中市外埔綠能生態園區（廚餘生質能廠）厭氧發酵後產生之沼液，也取得肥料登記證（液肥）。

另地方政府委託轄內民間廚餘處理廠處理其轄內家戶廚餘，共有 3 廠取得肥料登記證（共 3 張）。