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小型廚餘堆肥廠因處理量能受限，但廚餘受限來源與季節不同造成其性質變化複雜，導致堆肥成品肥分不穩定，以往不具設置工廠效益，多將堆肥成品經由活動與資源物交換加以提供民眾使用。本署為提升堆肥廠處理效能與成品品質，持續至地方辦理堆肥廠效能提升及輔導作業，邀請專家學者至現場給予專業建議，以作為後續操作程序與設施改善之參考，並進行改善狀況追蹤，以確保輔導成效及提升堆肥成品品質。本署另針對地方申請肥料登記證常見問題與農業部進行溝通，並製作申請範本供有意願申請縣市參考使用。

截至 113 年底傳統堆肥廠已有臺北市內湖焚化廠、北投焚化廠、木柵焚化廠、臺中市廚餘堆肥廠、臺南市港仔西廚餘堆肥廠、雲林縣南亞堆肥廠、苗栗縣竹南鎮堆肥廠、宜蘭縣羅東鎮堆肥廠、嘉義縣民雄鄉堆肥廠等 9 廠取得一般肥料、雜項堆肥、液態肥等 10 張登記證。高效堆肥廠已有臺南市城西廠、宜蘭縣利澤廠及三星廠、花蓮縣鳳林廠、新北市土城廠、桃園市泓橋廠、雲林縣南亞廠、澎湖縣湖西廠等 8 廠取得 8 張登記證，各產品可透過農會及超市等通路販售，或提供肥料廠為複合肥料汁混拌物料，增加其經濟性。另臺中市外埔綠能生態園區沼液也取得液肥之肥料登記證，取名外埔綠能寶。

全國堆肥廠共計 59 廠，已有 18 廠取得肥料登記證，後續金門縣及新竹市 2 縣市高效堆肥廠有意願申請肥料登記證，目前正辦理相關申請前置作業，本署將持續辦理輔導作業，協助各縣市辦理廚餘堆肥成品肥料登記證申請。